Želja po skupni organizirani reji čistokrvnega lipicanca v Sloveniji je leta 1991 botrovala ustanovitvi Združenja rejcev lipicanca Slovenije. Interese zasebnih rejcev, ki so bili do tedaj neorganizirani, je takrat kot prvi predsednik združil in povezal v stanovsko združenje danes žal že pokojni Rajko Vojtkovszky, ki je opravljal vlogo predsednika kar petnajst let. Pri strokovni organiziranosti in registraciji združenja sta takrat veliko pripomogla prof. dr. Jože Jurkovič in tedanji direktor Kobilarne Lipica Andrej Franetič. Združenje je leta 1991 postalo polnopravni član Mednarodnega združenja lipicancev (LIF), leto kasneje pa je bilo tudi uradno registrirano v novi državi Sloveniji. Ob ustanovitvi je bilo v združenju včlanjenih 38 rejcev, ki so imeli v lasti 170 lipicancev, od tega 41 plemenskih kobil. S sprejetjem statuta in in rejskega pravilnikase je začela načrtna reja slovenskega lipicanca v združenju.

Z dopolnitvijo rejskega pravilnika in nadaljnim strokovnim delom rejske komisije združenja ter skupaj z zunanjim članom Republiške strokovne službe v konjereji mag. Janezom Rusom pa je reja slovenskega lipicanca postala načrtna. Dobro sodelovanje s Kobilarno Lipica, Ministrstvom za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, Republiško strokovno službo v konjereji ter Biotehnično fakulteto v Ljubljani ter strokovna organiziranost združenja sta pripomogla, da je združenje v letu 2000 pridobilo status društva, ki deluje v javnem interesu.

Združenje združuje rejce ter ljubitelje konj lipicanske pasme v prizadevanju za preživetje, nadaljni razvoj in popularizacijo te pasme konj. ZRLS je skladno z določili 87. člena Zakona o živinoreji na podlagi odločbe Ministrstva za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano z dne 16.11.2006 pridobilo status priznane rejske organizacije.